Untuk mensukseskan wajib belajar pendidikan dasar (WAJARDIKDAS) 9 tahun Pejabat Kantor Departemen Agama Kabupaaten Bekasi dalam hal ini Seksi Perguruan Agama Islam (Pergurais) mengharapkan tambahan MTs Negeri baru. Hal disebabkan tingginya masyarakat Kabupaten Bekasi pada waktu itu yang memilih pendidikan di jalur Madrasah .Untuk memenuhi animo masyarakat yang memasukkan anaknya ke MTs dimana pada saat itu MTs Negeri di Kabupaten Bekasi baru ada satu buah yakni MTs Negeri Bekasi yang beralamat di Jl.KH.Agus Salim Teluk Angsan Bekasi.

Atas  dasar tersebut diatas Pejabat Departemen Agama Kabupaten Bekasi pada tahun 1995 mengusulkan Tambahan sebanyak 6 MTs Negeri baru yaitu MTs Negeri Jatiasih, MTs Negeri Setu, MTs Negeri Cikarang, MTs Negeri Sukatani,  MTs Negeri Bantargebang dan MTs Negeri Serang.

Dasar berdirinya MTs Negeri Jatiasih Bekasi.

Dengan usulan dari Pejabat Departemen Agama Kabupaten Bekasi tersebut maka terbitlah Surat Keputusan Menteri Agama tahun 1995 No. 515 A tanggal 25 Nopember 1995 bersama berdirinya madrasah lainya di wilayah Nusantara.

Bedarasarkan Surat Keputusan Menteri Agama tersebut maka di Kabupaten Bekasi dari satu buah Madrasah Tsanawiyah bertambah enam buah Madrasah Tsanawiyah Negeri baru hingga menjadi tujuh buah Madrasah Tsanawiyah Negeri.

MTs Negeri Jataiasih Bekasi sendiri bermula dari sebuah Madarasah Tsanawiyah Swasta yakni MTs S Al Jauhariyah. Melalui Pendekatan dan Musyawarah Pejabat Departemen Agama Kabupaten Bekasi dengan tokoh Masyarakat dan pihak Madrasah maka diperoleh kesepakatan bahwa MTs S Al Jauhariyah diusulkan untuk menjadi MTs Negeri Jatiasih . Dengan Surat Keputusan Menteri Agama No. 515 A tanggal   25  Nopember  1995 maka resmilah MTs Negeri Jatiasih berdiri dan sebagai kepala MTs Negeri Jatiasih diangkatlah Drs. Anwar sebagai Kepala MTs Negeri Jatiasih yang pertama.

Dengan segala keterbatasan dan kekurangannya MTs NegeriJatiasih terus berjalan dan berangsur-angsur berkembang. Hingga pada tahun  1997 dengan perkembangan wilayah Kabupaten Bekasi yang cukup pesat sehingga pada tahun tersebut Kabupaten Bekasi mengalami perkembangan dan pemekaran menjadi Kabupaten Bekasi dan Kota Bekasi.

Kota Bekasi dengan 8 kecamatan salah satunya Jatiasih,  maka MTs Negeri Jatiasih turut bergabung dengan Kota Bekasi karena geografisnya MTs Negeri Jatiasih berada di Wilayah  Kecamatan Jatiasih.

Perjalan MadrasahTsanawiyah Negeri Jatiasih.

Keberadaan MTs Negeri Jatiasih saat itu baru berjalan secara operasional pembelajaran dan kebutuhan administrasi pendungkungnya. Artinya MTs Negeri Jatiasih belum mempunyai sarana dan prasyarana yang dibutuhkan dalam sebuah lembaga pendidikan.

Melalui musyawarah dan pendekatan Kepala MTs Negeri Jatiasih dengan yayasan Darul Hikmah diperoleh kesepakan bahwa kegiatan belajar mengajar dengan segala pendungknya bertempat di yayasan tersebut. Kegiatan pembelajaran dan aktifitas pendung lainya di yayasan Darul Hikmah berjalan mulai tahun pelajaran 1996-1997. Dimana kegiatan pembelajaran tersebut dengan segala keterbatasannya dapat berjalan dengan baik. Kegiatan pembelajaran di Yayasan Darul Hikmah berjalan selama 3 tahun pelajaran.

Pada tahun pelajaran 1998-1999 Yayasan Darul Hikmah menyelenggaran pendidikan tingakat SLTP dengan sebutan SMP IT Yapidh. Dengan sebab itulah pada tahun pelajaran tersebut MTs Negeri Jatiasih pindah ke Yayasan Tarbiyatul Falah.

Mulai tahun pelajaran 1998-1999 melaksanakan aktifitas pembelajaran dengan segala pendukungnya berjalan di Yayasan Tarbiyatul Falah. Kegiatan operasional belajar mengajar dan kegiatan administrasi pendukungnya berjalan dan dilakanakan pada siang hari. Kegiatan tersebut dilaksanakan siang hari disebabkan pada pagi harinya dipakai oleh pihak Yayasan yang menyelengarakan pembelajaran untuk tingkat Madrasah Ibtidaiyah.

Dengan segala keterbatasan kegiatan pembelajaran berjalan dengan baik dan berjalan sebagaimana mestinya.

Salah seorang pegawai honorer pada MTs Negeri Jatiasih yakni Bapak Mat Saan mewakafkan tanahnya seluas 500 M yang terjadi pada tahun 1999.Tanah wakaf tersebut berlokasi di Jl. Benda Kp. Pedurenan Kelurahan Jatiluhur Kec. Jatiasih.  Bermula dari wakaf tersebut MTs Negeri Jatiasih mulai merintis mendirikan bangunan sebagai sarana pembelajaran.

Melalui pendekatan wakif dan kepala Madrasah kepada  warga akhirnya luas tanah bertambah dan pada tahun 2000 MTs Negeri Jatiasih dapat anggaran untuk membangung gedung.

Pada tahun 2001 MTs Negeri Jatiasih pindah dibangunan baru ke Jl. Benda Kp. Pedurenan Kelurahan Jatiluhur Kec. Jatiasih  di lokasi tanah wakaf dan perluasan yang dibeli dari warga sekitar Madrasah.

Dengan keterbatasan digedung baru yang merupakan gedung milik MTs Negeri Jatiasih kegiatan belajar mengajar dengan semua unsur pendukungnya dapat berjalan dengan baik.

Seiring dengan perkembangannya MTs Negeri Jatiasih terus berbenah dan dapat memperluas tanah serta bangunanya walaupun secara bertahap.

Madrasah Tsanwiyah Negeri Jatiasih pada tahun 2015 dengan surat Keputusan Menteri Agama No. 212 tahun 2015 tanggal 27 Juli 2015 berubah nama Menjadi MTs Negeri 2 Kota Bekasi. Perubahan nama tersebut serempak dengan seluruh Madrasah Tsanawiyah Negeri se Jawa Barat.